商丘市人民检察院机关内设22个部门。包括：办公室、干部处、综合处、侦监处、公诉处、反贪局、反渎局、监所处、民行处、控申处、预防局、技术处、政研室、宣教处、计财处、纪检监察、老干部处、法警支队、机关党委、案管办、未检处、信息处、驻商丘监狱、驻豫东监狱、服务中心。